O Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, ao qual o Mestrado Profissional em Biotecnologia e Gestão Vitivinícola está vinculado, conta com toda a estrutura do Instituto de Biotecnologia para a realização dos trabalhos de conclusão, dissertações e teses de seus alunos, além dos laboratórios de docentes permanentes e colaboradores localizados em outras unidades universitárias.
A infraestrutura e disponibilidade de equipamentos do Instituto de Biotecnologia atendem adequadamente às necessidade do Programa. Todos os laboratórios possuem equipamentos modernos adquiridos, em grande parte com recursos da Secretaria de Ciência e Tecnologia / RS, dentro do Programa de Modernização Tecnológica da Serra do Rio Grande do Sul, além de outras fontes de financiamento como a FAPERGS, CNPq, FINEP, empresas privadas e a da própria UCS.
Atualmente, estão disponíveis para o Mestrado Profissional em Biotecnologia e Gestão Vitivinícola os seguintes os laboratórios do Centro de Ciências Biológicas e da Saúde/Instituto de Biotecnologia:
Além desses laboratórios, os alunos dispõem de uma planta piloto para a extração de óleos essenciais de plantas, planta piloto para a produção de cogumelos comestíveis, cantina experimental (em construção) e estufas para estudos na área de Biotecnologia Vegetal. Recentemente a Universidade adquiriu uma área de 15 ha equipada com todos os implementos agrícolas necessários para a condução de experimentos em agricultura, inclusive viticultura. Esta área localiza-se próxima à FEPAGRO, instituição com a qual são desenvolvidos diversos trabalhos na área de vitivinicultura.
A Universidade de Caxias do Sul mantém um convênio com a Secretaria da Agricultura do Estado do Rio Grande do Sul, para desenvolvimento de pesquisa no Laboratório de Enologia do Estado do Rio Grande do Sul, sediado na Cidade de Caxias do Sul.
Na área de Agronomia, um prédio com 900 m², reúne vários laboratórios de pesquisa, como: os laboratórios de Fitopatologia, de Solos, de Fisiologia Vegetal e de Enologia, todos disponíveis para as atividades do Mestrado.
Além disso, os alunos têm à disposição a infraestrutura de TI da Instituição, assim como o Sistema de Bibliotecas e a Biblioteca Setorial do Instituto de Biotecnologia.